Мотать можно в произвольную сторону, главное потом правильно сфазировать обмотки. Если трансформатор уже намотан и неизвестно, где начало обмотки, а где её конец, то можно поступить следующим образом.

Включаете обе обмотки последовательно, а к отсучимся двум контактам подключаете вольтметр переменного тока. Если обмотки подлечены в противофазе, то расчётные напряжения вычтутся друг из друга. Например, одна обмотка на 13-ть Вольт, а другая на 12-ть, в результате должно получится около одного Вольта. Если обмотки подключены синфазно, то напряжения сложатся. В нашем случае получится 25 Вольт.

Коммутировать обмотки, при 12/24 Вольтах, можно двумя способами. Слева вариант, когда сечение провода обмотки 12 Вольт (III) обеспечивает весь требуемый ток. Справа схема коммутации обмоток, при которой сечение провода обмотки 12 Вольт (III) может быть вдвое меньше, так как оно складывается из сечения провода в обоих обмотках (II и III).

Точками обозначены оба начала или оба конца вторичных обмоток.