В схеме ниже преобразователя электролиты по 1000u.
Можно ли снизить ёмкость и насколько без вреда делу?
Или это обусловлено самой схемой?

Преобразователь http://oldoctober.com/ru/dc_dc_1to9v/ нормально работает, но слабоват..
Обмотки мотал: втор. 30вит. d= 0,2мм; перв. 4вит. d= 0,25мм
Получилось: Iнаг = 46мА - Uвых = 5,5V
Iнаг = 19мА - Uвых = 7.3V
Кольцо 2000НМ

Это обусловлено вашими требованиями. Величина емкости обратно пропорциональна величине пульсаций выходного напряжения при одной и той же частоте преобразования.

Если величина пульсаций не важна, например, для питания светодиодов, то можно снизить величину ёмкости настолько, чтобы сохранилась устойчивая работа генератора.

Сглаживающие кондеры после питания и перед нагрузкой - хорошо, но такие "успокоители качки" в 1000u!? Пульсация где-то 100Гц? Да и в подобных схемах видел номинал max 220, а в основном 100 и чуть ниже и не только для LED.
Кстати у А.Чаплыгина сборка "обошлась" сотней мФ. Ну и у Вас в схеме...

jipers
Схему нужно обсуждать в контексте поставленной задачи. Возможно, эта схема вообще Вам не подойдёт.